调查[url=]编辑[/url] 美国国家运输安全委员会（NTSB）认为备勤机师Gamil Al-Batouti，在正机长离开驾驶室时控制飞机。他关掉了自动导航系统，有意把飞机坠落在大西洋海上。他不停念着"Tawakalt ala Allah"（"I put my trust in God"，我把信念都交托给神），还有作出和正机师挽救客机完全相反的操作。这些只是美国当局的猜想且未经证实，但可能有杀人倾向或自杀倾向的说法则在报告的分析上指出。[1]
这个结果引来埃及政府的不满，他们认为是飞机的机件问题而导致意外。在西方国家，当中的埃及社群都对这份报告十分不满，因为他们认为埃及人根本不喜欢自杀。埃及政府的理据经过美国方面的论证，但全部都和事实不符。例如，埃及方面指升降舵失去控制，但美国方面指当时升降舵是处于「分裂的状态」。在这种情况下，一边是升而另一边是降，这种情况在767上只有飞行人员的操作才会做到。[1]
而这宗空难，则认为和阿尔盖达没有关系。因为这次不同911事件，机长是正常地离开驾驶舱，也没有对乘客有额外的警愓。而这次事件也没有证据证明有非驾驶员走入驾驶室来令飞机失事。不过，从后备机长念读句子的行为，则被视为是自杀的证据。[1]